目录 1996~2000
剧集说明（搬自度娘，本人很懒！）
1.下方“分集剧情”列表中，“★”标注表示加长版特别篇（参考下文“加长版特别篇”部分），“◆”表示动画原创（即漫画原作中没有的），“B”表示出现黑衣组织，“F”表示出现FBI，“C”表示出现CIA，“S”表示出现工藤新一，“X”表示出现服部平次，“K”表示出现怪盗基德。（注意不要将标注与动画名称相混淆）关于主线剧情的情况，请参考下文“主线剧情简介”部分。
@1996年（1~42）
1云霄飞车杀人事件B/S
2董事长千金绑架事件
3偶像密室杀人事件
4大都会暗号地图事件
5新干线大爆破事件
6情人节杀人事件◆
7每月一件礼物恐吓事件
8美术馆杀人事件
9天下第一夜祭杀人事件
10足球选手恐吓事件
11（11~12）钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件★
12（13）步美被绑架事件
13（14）奇怪的寻亲杀人事件
14（15）谜样的讯息狙击事件◆
15（16）消失的尸体杀人事件
16（17）古董收藏家杀人事件
17（18）百货公司挟持事件◆
18（19）六月新娘杀人事件
19（20）电梯杀人事件◆
20（21）鬼屋杀人事件
21（22）电视台外景队杀人事件◆
22（23）豪华客轮连续杀人事件（前篇）
23（24）豪华客轮连续杀人事件（后篇）
24（25）丧失记忆的美女事件◆
25（26）真假人质绑票事件◆
26（27）爱犬约翰杀人事件◆
27（28）小五郎同学会杀人事件（前篇）
28（29）小五郎同学会杀人事件（后篇）
29（30）计算机杀人事件◆
30（31）不在场证明杀人事件◆
31（32）电视台杀人事件
32（33）咖啡厅杀人事件
33（34）侦探团生还事件◆
34（35）山庄绷带怪人杀人事件（前篇）
35（36）山庄绷带怪人杀人事件（后篇）
36（37）星期一晚上7:30杀人事件◆
37（38）仙人掌花杀人事件◆
38（39）赤鬼村火祭杀人事件
39（40）企业家千金杀人事件（前篇）
40（41）企业家千金杀人事件（后篇）
41（42）优胜锦旗被割事件◆
42（43）卡拉OK厅杀人事件
@1997年（43~85）
43（44）江户川柯南诱拐事件
44（45）堀田三兄弟杀人事件◆
45（46）敷面膜杀人事件◆
46（47）雪山山庄杀人事件
47（48）健身俱乐部杀人事件◆
48（49）外交官杀人事件（前篇）X
49（50）外交官杀人事件（后篇）S/X
50（51）图书馆杀人事件
51（52）高尔夫练习场杀人事件◆
52（53~54）雾天狗传说杀人事件★
53（55）神秘凶器杀人事件◆
54（56）电玩公司杀人事件B
55（57）列车手法杀人事件◆
56（58）清洁车杀人事件◆
57（59）福尔摩斯迷杀人事件（前篇）X
58（60）福尔摩斯迷杀人事件（后篇）X
59（61）首次购物杀人事件◆
60（62）插画画家杀人事件
61（63）幽灵船杀人事件（前篇）◆
62（64）幽灵船杀人事件（后篇）◆
63（65）大怪兽哥梅拉杀人事件
64（66）第三个指纹杀人事件◆
65（67）螃蟹和鲸鱼绑架事件◆
66（68）夜路杀人事件◆
67（69）舞台女演员杀人事件◆
68（70）暗夜男爵杀人事件（事件篇）
69（71）暗夜男爵杀人事件（疑惑篇）
70（72）暗夜男爵杀人事件（解决篇）
71（73）米花之狼杀人事件◆
72（74）三胞胎别墅杀人事件
73（75）少年侦探队遇难事件◆
74（76）死神阵内杀人事件◆
75（77）金融公司社长杀人事件
76（78~79）柯南VS怪盗基德★K
77（80）名门连续惨死事件（前篇）X
78（81）名门连续惨死事件（后篇）X
79（82）银行强盗杀人事件◆
80（83）流浪画家杀人事件◆
81（84）当红歌星绑架事件（前篇）
82（85）当红歌星绑架事件（后篇）
83（86）综合医院杀人事件◆
84（87）滑雪别墅杀人事件（前篇）
85（88）滑雪别墅杀人事件（后篇）
@1998年（86~128）
86（89）诱拐现场特定事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）
87（90）白鹤报恩杀人事件◆
88（91）德休拉别墅杀人事件（前篇）◆
89（92）德休拉别墅杀人事件（后篇）◆
90（93）花香杀人事件◆
91（94）抢匪住院事件
92（95）恐怖登山杀人事件（前篇）◆
93（96）恐怖登山杀人事件（后篇）◆
94（97）雪女传说杀人事件◆
95（98）小五郎约会杀人事件◆
96（99~102）走投无路的名侦探！连续两大杀人事件★
97（103）离别美酒杀人事件◆
98（104）名陶艺家杀人事件（前篇）
99（105）名陶艺家杀人事件（后篇）
100（106）初恋情人回忆事件（前篇）
101（107）初恋情人回忆事件（后篇）
102（108）古装演员杀人事件（前篇）
103（109）古装演员杀人事件（后篇）
104（110）盗贼集团别墅事件（前篇）
105（111）盗贼集团别墅事件（后篇）
106（112）新闻照片杀人事件◆
107（113）鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆
108（114）鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆
109（115）侦探团大追击事件◆
110（116）烹饪教室杀人事件（前篇）◆
111（117）烹饪教室杀人事件（后篇）◆
112（118）帝丹小学七大离奇事件
113（119）白色海滩杀人事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作）
114（120）有氧潜水杀人事件（前篇）
115（121）有氧潜水杀人事件（后篇）
116（122）推理小说家失踪事件（前篇）
117（123）推理小说家失踪事件（后篇）X
118（124~125）浪花连续杀人事件★X
119（126）假面超人杀人事件◆
120（127）蜜蜂鸡尾酒杀人事件◆
121（128）浴室密室事件（前篇）
122（129）浴室密室事件（后篇）
123（130）天气预报小姐绑架事件◆
124（131）神秘的狙击者杀人事件（前篇）◆
125（132）神秘的狙击者杀人事件（后篇）◆
126（133）旅行剧团杀人事件（前篇）◆
127（134）旅行剧团杀人事件（后篇）◆
128（135）黑衣组织10亿元抢劫事件◆B（注：部分情节来自漫画第2卷，但主体案件为原创）
@1999年（129~173）
129（136~139）来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件★B
130（140）竞技场无差别胁迫事件（前篇）
131（141）竞技场无差别胁迫事件（后篇）
132（142）魔术爱好者杀人事件（事件篇）K
133（143）魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）K
134（144）魔术爱好者杀人事件（解决篇）K
135（145）消失的凶器搜索事件◆
136（146）蓝色古堡探索事件（前篇）
137（147）蓝色古堡探索事件（后篇）
138（148）最终播映杀人事件（前篇）
139（149）最终播映杀人事件（后篇）
140（150）SOS！步美传达的讯息◆
141（151）结婚前夕密室事件（前篇）X
142（152）结婚前夕密室事件（后篇）X
143（153）疑惑的天体观测◆
144（154）上野出发的北斗星3号（前篇）
145（155）上野出发的北斗星3号（后篇）
146（156）本厅刑事恋爱物语（前篇）
147（157）本厅刑事恋爱物语（后篇）
148（158）路上电车紧急刹车事件◆
149（159）游乐园高空弹跳事件◆
150（160）汽车爆炸事件的真相（前篇）◆
151（161）汽车爆炸事件的真相（后篇）◆
152（162）神秘老人失踪事件◆
153（163）园子危险的夏日物语（前篇）
154（164）园子危险的夏日物语（后篇）
155（165）水中钥匙密室事件◆
156（166）本厅刑事恋爱物语2（前篇）
157（167）本厅刑事恋爱物语2（后篇）
158（168）沉默的环状线◆
159（169）诡异的五重塔传说（前篇）◆
160（170）诡异的五重塔传说（后篇）◆
161（171）流经流水亭的杀机◆
162（172~173）飞天密室工藤新一最初的事件★S
163（174）月亮、星星与太阳的秘密（前篇）
164（175）月亮、星星与太阳的秘密（后篇）
165（176）少年侦探队消失事件◆
166（177）鸟取县蜘蛛公馆的怪事（事件篇）X
167（178）鸟取县蜘蛛公馆的怪事（疑惑篇）X
168（179）鸟取县蜘蛛公馆的怪事（解决篇）X
169（180）维纳斯之吻◆
170（181）黑暗中的死角（前篇）
171（182）黑暗中的死角（后篇）
172（183）复活的死亡讯息（前篇）
173（184)复活的死亡讯息（后篇）
@2000年（174~218）
174（185~188）二十年的杀意新佛尼号连续杀人事件★X
175（189）惨遭四次杀害的男子◆
176（190）与黑衣组织的再会（灰原篇）B
177（191）与黑衣组织的再会（柯南篇）B
178（192）与黑衣组织的再会（解决篇）B
179（193）咖啡厅卡车撞入事件◆
180（194）红色杀机的夜想曲（前篇）◆
181（195）红色杀机的夜想曲（后篇）◆
182（196）九道门大搜查◆
183（197）危险的食谱◆
184（198~199）诅咒假面的冷笑★◆
185（200）名侦探遇害记（前篇）◆
186（201）名侦探遇害记（后篇）◆
187（202）黑暗中传来的神秘枪响◆
188（203）危命的复活洞窟中的侦探团
189（204）危命的复活负伤的名侦探X
190（205）危命的复活第三种选择X
191（206）危命的复活黑衣骑士S/X
192（207）危命的复活新一回来了S/X
193（208）危命的复活约定的场所S
194（209）意味深长的八音盒（前篇）
195（210）意味深长的八音盒（后篇）
196（211）看不见的凶器小兰的初次推理◆
197（212）超级跑车的陷阱（前篇）◆
198（213）超级跑车的陷阱（后篇）◆
199（214）嫌疑犯毛利小五郎（前篇）
200（215）嫌疑犯毛利小五郎（后篇）
201（216）第十位乘客（前篇）◆
202（217）第十位乘客（后篇）◆
203（218）伊卡洛斯的黑色之翼（前篇）◆
204（219）伊卡洛斯的黑色之翼（后篇）◆
205（220）本厅刑事恋爱物语3（前篇）
206（221）本厅刑事恋爱物语3（后篇）
207（222）太顺利的推理◆
208（223~224）通往迷宫的入口巨大神像的愤怒★◆
209（225）龙神山坠崖事件◆
210（226）五彩传说的水中豪宅（前篇）◆
211（227）五彩传说的水中豪宅（后篇）◆
212（228）蘑菇、熊与侦探队（前篇）
213（229）蘑菇、熊与侦探队（后篇）
214（230）怀古饭店的神秘事件◆
215（231）复仇海滩（前篇）◆
216（232）复仇海滩（后篇）◆
217（233)目暮警官尘封的秘密（前篇）
218（234）目暮警官尘封的秘密（后篇）